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博物館の収蔵庫では、保管している標本の劣化を防ぐため、通年を通して庫内の温度、湿度を一定に保ち、照明には紫外線カットのものを使用しています。
当館には保管する標本の特性にあわせて３つの収蔵庫がありますが、なかでも生物系収蔵庫に保管されている動物の剥製や、植物、昆虫標本などの標本については、展示等で使用した場合、殺虫、殺カビ等の燻蒸をしてから戻します。
また、ただ戻すのではなく、しっかりと整理、配架して保管します。
なお、この収蔵庫は、人にくっついていろいろなものが収蔵庫に持ち込まれるのを防ぐため、土足厳禁、人の出入りも制限しています。